كان مجيء مرقس الرسول عام 62 ميلادي إلى الإسكندرية البداية للكنيسة القبطية في مصر حيث بشر أهلها بالمسيحية مؤسسًا كرسي الإسكندرية الرسولي المعروف باسم الكنيسة القبطية، وللكنيسة القبطية المرقسية مكانة كبيرة في التاريخ الكنسي العالمي لأن منها كان بطاركة الإسكندرية الأقباط والعلماء الذين واجهوا الهرطقات المختلفة.
كان أول المؤمنين بالمسيحية صانع أحذية مصري يدعى إنيانوس وقد حول بيته ليكون أول كنيسة في أفريقيا وعرفت باسم كنيسة بوكاليا ومكانها هو مكان الكاتدرائية المرقسية الحالية وهذا المكان يتوسط الإسكندرية القديمة.
أصبحت الكنيسة المرقسية مقراً لبطريرك الكنيسة لمدة ألف عام ثم انتقل المقر عدة مرات إلى ان أصبح الآن في أرض الأنبا رويس بالعباسية. بعد سيامة خرستوذولس بابا الإسكندرية انتقل من الإسكندرية إلى مصر، واتخذ من الكنيسة المعلقة بظاهر الفسطاط مقرًا له.
كما جدد كنيسة القديس مرقريوس وجعلها كاتدرائية كبرى ومركزًا لكرسيه، وجعل أيضًا كنيسة السيدة العذراء في حي الأروام مقرًا له يأوي إليه عند اللزوم وذلك برضى أسقف بابليون. أما سبب ذلك فهو انتقال عظمة مدينة الإسكندرية إلى مدينة القاهرة، وكثرة عدد المسيحيين فيها، ولارتباطه بالحكومة.
صار البابا يعين أسقفًا للإسكندرية باسم وكيل الكرازة المرقسية. يعتبرمرقص مؤسس الكنيسة بالإسكندرية وأول أسقف للإسكندرية. وفقًا للتقاليد، تم القبض على القديس مرقس خلال مهرجان سيرابيس عام 68 بعد الميلاد واستشهد بجره في الشوارع. ودفن تحت الكنيسة التي أسسها. عام 68 ميلادي استشهد القديس مارمرقس بالإسكندرية ووُضِع جسده في الكنيسة
وقبيل استشهاد البابا بطرس خاتم الشهداء صلى صلاة أخيرة فوق قبر مارمرقس. وقتها كانت الكنيسة عبارة عن مقصورة صغيرة للعبادة على ساحل الميناء الشرقي، وكان فيها جسد مار مرقس وبعض خلفائه.
في عام 321 م تمّ توسيع الكنيسة في عهد البابا أرشيلاوس ال 18 . في عام 680 م قام البابا يوحنا السمنودي البطريرك الأربعين بإعادة بناء الكنيسة، في عام 828 ميلادي حدثت سرقة جسد مرقس بواسطة بحارة إيطاليين، ونُقل من الإسكندرية لمدينة البندقية )فينسيا( بإيطاليا. وبقَيت الرأس بالإسكندرية. تمّ إعادة البناء مرة أخرى، وفي عام 1527 م يذكُر الرحالة بيير بيلون دي مانز. أن الكنيسة قائمة. تهدمت الكنيسة وأعيد بناؤها أكثر من مرة على مر التاريخ، وفي عام 1870 م تم بناؤها على الطراز البيزنطي مع تزيينها بعدد كبير من الأيقونات الجميلة، في عام 1952 م قام البابا يوساب الثاني بافتتاح الكاتدرائية الجديدة وصلى أول قداس بها.
عمرو بن العاص وبناء الكنيسة وعودة رأس مرقص
يذكر كتاب السنكسار الذى يدون قصص القديسين فى الكنيسة الأرثوذكسية أن الكنيسة تعيد بظهور رأس القديس مار مرقس الإنجيلى وتكريس الكنيسة التي بنيت عليها، حيث ظل جسد القديس مار مرقس ورأسه معا فى تابوت واحد حتى سنة 644 م، وكان هذا التابوت محفوظا فى كنيسة بوكاليا أو دار البقر. وفى أحد الأيام من سنة 644 م، دخل أحد البحارة العرب للكنيسة فوجد التابوت وتوهم أن فيه ذهبا ووضع يده فى التابوت، فوقعت يده على الرأس فأخذها فى الليل وأخفاها فى أسفل المركب، وحينما عزم القائد عمرو بن العاص على المسير، أبحرت كل السفن وخرجت من ميناء الإسكندرية ما عدا تلك السفينة التى بها الرأس فلم تتحرك إطلاقا رغم محاولات البحارة بذل جهودهم لإخراجها، وحينما علموا أن فى الأمر سرا، أمر عمرو بن العاص بتفتيش السفينة فوجدوا الرأس مخبأ فيها فأخرجوها من السفينة واحتفظ بها عمرو وبعدها تحركت السفينة حالا ففهم عمرو بن العاص ومن معه أن تأخر السفينة كان بسبب وجود الرأس المقدسة فيها.
أحضر عمرو بن العاص البحار الذى خبأها فاعترف بجريمته فعاقبه، ثم سأل عمرو بن العاص عن بابا الأقباط وكان هو الأنبا بنيامين البطريرك الثامن والثلاثين وكان هاربا ومختبئا بأديرة الصعيد فكتب له عمرو بن العاص خطابا بخط يده يطمئنه ويعطيه الأمان ويطلب منه الحضور، فحضر البابا بنيامين واستلم منه الرأس المقدسة بعد ما قص عليه عمرو بن العاص المعجزة العظيمة التى حدثت منه. وأعطاه 10 آلاف دينار ليبنى بها كنيسة عظيمة على اسم صاحب هذه الرأس، فشكره البابا واحتفظ بالرأس فى قلايته بدير مطرا إلى أن يتم بناء الكنيسة، وبدأ فى بناء الكنيسة التى عرفت باسم المعلقة بالإسكندرية الكائنة فى شارع المسلة بالثغر ولكنه لم يستطع إكمالها فأتمها خليفته البابا أغاثون وكرسها في مثل هذا اليوم. ووضع في الكنيسة الرأس المقدسة وكان من طقس رسامة البطاركة أن يتوجه البابا ثاني يوم رسامته إلى رأس مار مرقس الإنجيلي الرسول وبصحبته الأساقفة والكهنة والشعب، فيضرب المطانية metanoia أمام الرأس المقدس ثم يرفع البخور أمام الرأس ويقرأ مقدمة إنجيل مرقس، ويختم الصلاة بالتحليل والبركة ثم يدخل إلى حجرة وحده، ويأخذ الرأس المقدسة ويضعها في حجرة ويعريها من الكسوة القديمة ويكسوها بكسوة جديدة من الحرير ويخيط عليها وبعد ذلك يظهر للناس.
