في عهد الملك فؤاد الأول وفي عام ١٩٣٤م قامت لجنة حفظ الآثار المصرية العربية بتجديد مسجد محمد علي، وذلك بإزالة القبة الكبيرة وما حولها من قباب صغيرة، ليعاد بناءها مرة أخرى مع مراعاة الأبعاد المعمارية الأصلية من حيث التصميم والزخارف وقد بلغت تكلفة عملية التجديد حوالى ١١٦ ألف جنيه.
وبعد ٥ سنوات كاملة من العمل، قام الملك فاروق الأول بإفتتاح المسجد فى يوم الجمعة الموافق ٢٤ فبراير عام ١٩٣٩م.
نبذة عن مسجد محمد علي.
لما انتهى محمد علي باشا من إصلاح قلعة صلاح الدين الأيوبي وإنشاء المدارس والقصور، قرر إن يبني جامعا تقام فيه الصلوات ويكون به مدفن له، بدأ العمل بإنشاء الجامع عام ١٨٣٠ وتواصل العمل بلا انقطاع حتى وفاة محمد علي باشا عام ١٨٤٩م، حيث دفن في المقبرة التي كان قد اعدها لنفسه.
وفي عهد عباس باشا الأول تمت أعمال النقش بالبوابات وأعمال الرخام، كما أمر بتعيين القراء ورصد الخيرات على الجامع.
في عهد سعيد باشا تم عمل احتفالات رسمية لمدة خمس ليال من كل عام وهي ليلة الاسراء والمعراج، ليلة النصف من شعبان، ثم ثلاث ليال من شهر رمضان هي ليلة ١٣ ذكرى وفاة محمد علي باشا، وليلة ١٤ رمضان حين تم دفنه وأخيرا ليلة القدر.
في عهد الخديو اسماعيل تم عمل أبواب نحاسية جديدة للجامع وإحاطته بالأسوار وأنشا له دورة مياه.
في عصر الملك فؤاد قامت لجنة حفظ الأثار المصرية العربية بإزالة القبة الكبيرة وما حولها من قباب صغيرة، ليعاد بناءها مرة اخرى مع مراعاة الابعاد المعمارية الاصلية من ناحية الزخارف والتصميم.
