فى عام ١٥١٧ اعتبرت مصر ولاية تابعة للدولة العثمانية، وذلك بعد انتصار الجيش العثمانى بقيادة السلطان سليم الأول على القائد المملوكى طومان باى، وإعلانه مصر ولاية عثمانية، وبذلك أصبحت ملزمة بدفع جزية سنويا مقابل حمايتها، والتى وكان يحددها السلطان العثمانى.
وعلى سبيل المثال فى عام ١٨٦٦ أصدر السلطان فرمانا بزيادة الجزية التى يستوجب على الخديو إسماعيل دفعها من ٣٧٦.٠٠٠ جنيه إلى ٧٢٠.٠٠٠ جنيه، وذلك مقابل منحه لقب خديو بدلا من والى، وكانت تلك الأموال يدفعها الحاكم ولا يسمح للحاكم السابق مغادرة مصر حتى يدفع ما عليه من غرامات.
وتوثق المصادر التاريخية نظام الأوقاف ممثلاً فى وثائق الوقف المحفوظة فى وزارة الأوقاف، ودار الوثائق القومية (مجموعة المحكمة الشرعية)، وفى بطريركية الأقباط الأرثوذكس، وفى دار الكتب، وفى دير سانت كاترين، والتى تتخطى ٨٠٠ وثيقة.
وساهمت الأوقاف، فى رعاية والصرف على المساجد والمستشفيات والمدارس والمكتبات والحانات «المحلات والمتاجر»، والفنادق والأسبلة والتكايا، وكذلك الإنفاق على التجهيزات العسكرية، برصد رأس المال ومنع بيعه والإنفاق من إيراداته فى سبل الخير، دخلت مجالات غير تقليدية ولم تقصد فقط إشباع الاحتياجات الأساسية للفقراء والمساكين والمرضى وطلبة العلم.
بل تشعبت أكثر نحو مراعاة حقوق الإنسان وحقوق الحيوان، واجتهدت نحو تطييب الأحاسيس ومراعاة المشاعر وتحسّبت لحفظ الكرامة ورفع الإيذاء وإرضاء طموحات المحرومين، مثل وقف الزبادى لشراء زبادى أتلفه الخادم حتى لا يؤذيه سيده، ووقف الكلاب الضالة والغرباء، وتسلية المريض وتزويج اليتيمة، وملابس الفقراء فى الأفراح.
وتكشف كتب تاريخية أنه فى عام ١٥١٦ م/ ٩٧١هجريه استولى العثمانيون على مصر وأزالوا المماليك واستولوا على أوقاف المدارس والزوايا والمساجد وخدمات البلدية والمستشفيات وكانت تدار بالأوقاف ويصرف عليها منها.
