حددت الكنيسة المصرية موقفها بقوة من حكم الإخوان، وواجهت بقيادة البابا تواضروس الثاني محاولات الإخوان المستمرة لتهميش الأقباط وتمكين الجماعة.
واعتبرت الكنيسة خلال رحلة المقاومة أن ما يحدث هو اختطاف ممنهج للوطن وليس المساس بالأقباط المصريين فقط، وتضامنت معها الحركات القبطية على رفض المسودة النهائية للدستور الذى أخرجته الجمعية التأسيسية التي شكلها الإخوان، وقدمته إلى رئيس الجمهورية، للدعوة للاستفتاء الشعبى وتنوع الرفض بين «المقاطعة» والدعوة للتصويت بـ«لا»،
ووقتها روج الإخوان عبر صفحاتهم أن الكنيسة تحشد ضد التصويت بـ" لا" وردت الكنيسة بقوة أنها لا تتدخل في الحشد للتصويت بـ«لا» لاستشعارها أن الجماعة تريد انقسامًا طائفيًا.
وفى الاستفتاء أعلن انسحاب ممثلى الكنائس من «التأسيسية»، أو دعوة الأقباط لمقاطعة الاستفتاء. وأعلنت الكنيسة فقط عن أسباب انسحابها، وتمثلت في أن الدستور الصادر خال من الديمقراطية والمدنية والحداثة التى يتمناها المصريون، ولم يراع مطالب الكنائس داخله» وأكد البابا تضامن الكنيسة مع الشعب المصرى في رفض مشروع الدستور الذى أخرجته «التأسيسية»، خلال لقائه مع عمرو موسى، رئيس حزب المؤتمر وعضو جبهة الإنقاذ الوطنى.
دعوات الحوار
رفضت الكنيسة المصرية وتضامن معها الأزهر الشريف، الحوار مع الإخوان ومكتب الإرشاد ووصفه البابا تواضروس بالحوار العقيم غير المفيد لأنه لا يحقق الطمأنينة ولا يمنح أي ضمانات للمواطنة وأعقب ذلك تصريح من أقوي التصريحات الرسمية للكنيسة حيث قال البابا تواضروس إن أقباط مصر يشعرون بالتهميش تحت حكم الإخوان، وإن المسيحيين يشعرون بالتهميش والتجاهل منذ تولي الإخوان الحكم في مصر مؤكدا على أن هناك مؤشرات تفيد بأن الأقباط يتجهون إلى الهجرة خوفا من النظام الإخواني المقصر في حقهم.
وأشار البابا إلى تعرض الأقباط للترويع والاعتداءات المستمرة وزادت الهجمات على الكنائس والتوترات الطائفية بشكل ملحوظ بعد صعود الإسلاميين للحكم عقب انتفاضة عام 2011 التي أطاحت بمبارك.
ولدى سؤاله عن رد فعل الحكومة على أحداث العنف التي استهدفت الكاتدرائية قال "أنها سوء تقدير وأيضا فيه تقصير. عندما تكون هناك مشاعر ملتهبة وقتلى وموتى مؤكدا إنه يشعر بالقلق لوجود مؤشرات على اتجاه بعض الأقباط إلى الهجرة لأنهم يخشون النظام الجديد. وأضاف أن آخرين يسافرون للخارج للدراسة والبحث عن الأمان.
30 يونيو
سبق ثورة 30 يونيو لقاءات مهمة للبابا كان أشهرها مع الإمام أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف وكانت دعوة قد وجهت لهم من أجل مقابلة الرئيس الأسبق محمد مرسى كانت الجماعة ومكتب الإرشاد يريدون إيصال رسالة طمأنينة على أحوال البلاد قبل 30 يونيو وتمت بالفعل مقابلة في 18 يونيو وخرج منها البابا تواضروس وشيخ الأزهر أكثر إحباطا وقال وقتها البابا 'المفترض أن أخرج من ذلك اللقاء مطمئنًا، لكن ذلك لم يحدث فمرسى لم يكن شاعرًا بما يحدث في البلاد ولم يجد البابا وشيخ الأزهر إجابة عن سؤالهما حول أحوال البلاد ثم بعد ذلك وصلنى شعور بأنه لا أمل.
وبعد أحداث فض اعتصام رابعة وحرق الكنائس قال البابا قولته الشهيرة: "وطن بلا كنائس خير من كنائس بلا وطن".
هكذا تعرض الأقباط خلال فترة حكم الإخوان لاعتداءات ممنهجة وتحريض فج وعبر صفحات الإخوان كان التحريض علنيا على التهجير والقتل كما حدث في دهشور والخصوص هجوم بالخرطوش والأسلحة النارية والمولوتوف على جنازة ضحايا الخصوص وتعرضت الكاتدرائية في العباسية لاعتداء لم يحدث في تاريخها.
الأقباط يدعمون تمرد:
أصبح ابتزاز الإخوان وميليشياتهم واضحا للأعمى وتحريضهم الطائفي يتجدد وأدركت الكنيسة والأقباط خطورة الأمر على الوطن ومستقبل المواطنة وبدأت بالفعل حركات قبطية في دعم حملة تمرد التي استهدفت سحب الثقة من مرسي وجماعته.
وقتها صرح البابا بأن الكنيسة لا تملك سلطة المنع أو الدفع لا تمنع الشباب من أن يخرجوا ولا تدفع الشباب ليخرجوا وحتى إذا ما منعناهم وهذا من باب المستحيل فإن غيرتهم ووطنيتهم لن تمنعهم من الخروج والمشاركة في ٣٠ يونيو.