أوصى البابا شنودة الثالث، أن يكون مدفنه بدير الأنبا بيشوي، بينما متعلقاته ومقتنياته تكون من نصيب كنيسة العذراء الزيتون.
وتنشر "البوابة نيوز " فيديو لغرفة نومه التي لم يغيرها طيلة إقامته بالكاتدرائية، وتضم سريرًا، ومكتبًا و"أنتريه"، وكان يستقبل فيه سكرتاريته الخاصة والاطباء المتابعين لحالته الصحية.
والغرفة عاش فيها حتى لحظة وفاته.
