تمكن فريق نادى هليوبوليس لمرحلة 2003 من التغلب على فريق النادى الأهلى بنتيجة 10-5 ليتوج بطلا لكأس مصر لكرة الماء وجاء فى المركز الثالث فريق نادى الشمس، كما فاز فريق نادى هليوبوليس لمرحلة 2001 على فريق النادى الاهلى 6-5 وجاء فى المركز الثالث لهذه المرحله نادى الجزيرة.
وفى مرحلة 1999 فاز فريق نادى هليوبوليس على غريمه النادى الاهلى 13-12 بضربات الجزاء وجاء فى المركز الثالث نادى الزمالك.
واخيرًا مرحلة العمومى والتى فاز بها ايضًا فريق نادى هليوبوليس على فريق نادى الجزيرة بنتيجة 7-5 وجاء فى المركز الثالث النادى الاهلى.
