قال الدكتور محمود زكريا، أستاذ العلوم السياسية، إن حركة “شباب المجاهدين” كانت بمثابة الجناح العسكري لاتحاد المحاكم الإسلامية، ومع مرور الوقت وبالتحديد في عام 2007 بدأ يحدث نوعًا من الانشقاق والتصدع بين اتحاد المحاكم الإسلامية وحركة الشباب المجاهدين.
وأضاف "زكريا"، خلال لقائه ببرنامج "الضفة الأخرى"، الذي تقدمه الإعلامية داليا عبد الرحيم، المذاع عبر قناة “القاهرة الإخبارية”، أن الانشقاق حدث بسبب هزيمة قوات اتحاد المحاكم الإسلامية من الحكومة الصومالية الفيدرالية التي كانت مدعومة في هذا الوقت من القوات الإثيوبية التي تدخلت بشكل احادي تحت مظلة الاتحاد الإفريقي.
وأوضح أن حركة شباب المجاهدين أعلنت عن انفصالها عن اتحاد المحاكم الإسلامية، فقام اتحاد المحاكم بفتح خطوط اتصال مع المعارضة الصومالية في عام 2007.
