تعددت مظاهر الإصلاح الطوباويّ لقداسة البابا بولس السادس في الكنيسة، حيث إنه أجرى تغييرات أهمّها إصلاح الطقوس الكنسيّة لتلائم متطلبات العصر لغة وبساطة، كما أشرك العلمانيين في حياة الكنيسة ونشاطاتها وأسس "مجلس العلمانيين".
وعمل على مراجعة قوانين ونظم الحياة الرهبانيّة وتطويرها وتكييفها.
كلك سار قداسة البابا بولس السادس على مبدأ "الجماعيّة" في إدارة الكنيسة والذي أسس "سينودس الأساقفة" الذي يضم ممثلين من جميع المجالس الأسقفيّة في العالم، و أصلح دواوين الدائرة الرّومانيّة فأصبح يرأس بعضها كرادلة غير إيطاليين.
كما أنه جعل مجمع الكرادلة يشمل القارات، وطلب من الأساقفة وتقديم استقالتهم عن بلوغ 75 سنةً.
وأسقط حق الكرادلة في انتخاب البابا إذا ما بلغوا سنة 80 عامًا.
