لوح الدكتور يوسف زيدان عضو مجلس امناء مؤسسة تكوين الفكر العربي بالانسحاب من المؤسسة بسبب عقد مناظرة بين إسلام بحيري وعبدالله رشدي موضحا أن عقد المناظرات ليس من مهام المؤسسة ولا من خطة عملها؛ لافتا إلى أن دورها الأساسي هو دعم الواقع الثقافي العام وتأسيس معرفة حقيقية وتكريس الفكر المنطقي.
وأكد أن الاصطدام بالدين ليس هدفا للمؤسسة وإنما دعم الفكر والواقع الثقافي في مصر والبلدان العربية، لافتا إلى أن التجربة أثبتت أنه لا جدوى من الجدال الديني.