يعود تاريخ إنشاء متحف إيمحتب لعام 1997، وتبلغ مساحته نحو 1500 متر، و يضم 286 قطعة أثرية معروضة، موزعة في 6 قاعات داخل 27 فاترينة عرض، بالإضافة إلى حوالي 70 قطعة أثرية داخل 6 فتارين للعرض المؤقت والمكتبة.
أما عن مقتنيات المتحف فيُعرض بالقاعة الأولي قطعة حجرية نادرة وهي عبارة عن قاعدة لتمثال الملك "زوسر"، والتي تحتوي على ألقاب المهندس والطبيب "إيمحتب"، أما القاعة الثانية فهي مكتبة المهندس وعالم الآثار الفرنسي الراحل "جان فيليب لوير"، الذي عمل لمدة 75 عامًا في سقارة للكشف عن المجموعة الهرمية للملك زوسر.
في حين تضم القاعة الثالثة أهم نماذج العناصر المعمارية بمجموعة هرم زوسر، والقاعة الرابعة التي تسمي قاعة مقابر سقارة والتي تحتوي على أهم مقتنيات ملوك الأسرة الخامسة والسادسة، من أبرزها مومياء الملك "مري إن رع" أحد ملوك الأسرة السادسة، والتي تعتبر أقدم مومياء ملكية.
أما القاعة الخامسة تعرض عددًا من الأواني المختلفة الأشكال والأحجام، اكتشفت داخل هرم الملك زوسر وبعض ملوك الأسرة الثانية وتسمي قاعة طرز سقارة، كما تحتوي أيضًا على أهم منحوتات النماذج الخشبية والحجرية لكبار الموظفين.
في حين تضم القاعة الأخيرة والمعروفة باسم قاعة البعثات، أهم نتاج حفائر البعثات المصرية والأجنبية التي عملت في سقارة، من بينها أهم وأقدم مجموعة من أدوات الجراحة في التاريخ، وكذلك التماثيل البرونزية للمعبودات المصرية، هذا وقد تم تزويد المتحف بقاعة للتهيئة المرئية تعرض مواد فيلمية عن أهمية منطقة سقارة الأثرية.
