تعتبر كنيسة مارمرقس بشارع كليوباترا هي أول كنيسة أرثوذكسية يتم بناؤها في مصر الجديدة حيث كانت عام 1914 مجرد فكرة ثم تم وضع حجر الأساس لها وصدر قرار البناء في الجريدة الرسمية بأمر من الملك فؤاد الأول عام 1922 قبل أن يكتمل بناؤها عام 1930.
واختار البابا كيرلس الخامس أن تكون الكنيسة باسم مارمرقس.
وجرى بناء الكنيسة بتصميم معماري قوطي ورسم أيقوناتها الفنان اليوناني جورج بانتسوس تحت أشراف الأستاذ حنا بك سميكة أستاذ الفن البيزنطي بكلية الفنون الجميلة في ذلك الوقت.
والكنيسة بها 3 مذابح الأول على اسم القديس مارمرقس والثاني يُسمى باسم الشهيد مارجرجس والثالث على اسم السيدة العذراء مريم.
زار كنيسة مارمرقس مصر الجديدة عددًا من الباباوات هم:
البابا يوساب الثاني
البابا كيرلس السادس
البابا شنودة الثالث
الأنبا باخوميوس (القائم مقام البطريرك)
البابا تواضروس الثاني.
