تعتبر كنيسة الملاك غبريال بحارة السقايين أقدم الكنائس في القاهرة الخديوية حيث سعى البابا كيرلس الرابع المُلقب بـ "أبي الإصلاح" لبناء كنيسة أرثوذكسية بجوار المدرسة التي قام بتأسيسها للبنين والبنات والتي كانت أول مدرسة لتعليم البنات في مصر.
فطلب البابا كيرلس الرابع من الخديوي محمد سعيد باشا أن يمنحه تصريحًا لبناء تلك الكنيسة فوافق الخديوي عام 1854 وبدأت بالفعل أعمال البناء ثم تم افتتاح المبنى المؤقت للصلاة بالكنيسة عام 1858.
وتم استكمال بناء الكنيسة عام 1881 في عصر البابا كيرلس الخامس لتظهر بشكلها الحالي وقد تم ترميم كنيسة الملاك غبريال بحارة السقايين عقب تعرضها لأضرار كبيرة بسبب زلزال 1992 ورُممت مرة أخرى في عهد البابا شنودة الثالث.
الكنيسة مُصممة على شكل سفينة نوح الذي يُشير إلى حماية الله لأولاده من أمواج العالم مثلما حدث في قصة فلك نوح الذي أنقذ أولاد الله من الهلاك أثناء الطوفان.
ويوجد بالكنيسة مكتبة تاريخية مميزة تحتوي على أكثر من 25 ألف كتاب ومخطوط أثري.
