العلاقة بين عبد الناصر والكنيسة القبطية الارثوزكسية بقيادة البابا كيرلس السادس علاقة طيبة ومرت بمراحل مختلفة.. حينما سعى البابا كيرلس لإنشاء الكاتدرائية بالعباسية تبني ناصر الأمر وتبرع بمبلغ عشرة آلاف جنيه بل وقدم تحويشة أولاده في الحصالات كبداية للتبرعات، وحضر حفل افتتاحها ومعه الإمبراطور هيلا سلاسي إمبراطور الحبشة (إثيوبيا).
في برلمان ١٩٥٧؛ لم ينجح سوى قبطي واحد بشبرا، ولجأت الثورة إلى استخدام الرئيس حقه الدستورى فى تعيين نواب، فكان يختار معظمهم من الأقباط.
واستمرت علاقة الكنيسة المصرية بالثورة، والقائمين عليها، خاصةً في الفترة من ١٩٥٢: ١٩٧٠، وحتى حرب أكتوبر العظيمة، واتحدت الكنيسة مع ثورة ٢٣ يوليو، ودعمت شعاراتها القومية.. وأثناء هزيمة يونيو ١٩٦٧؛ شاركت الكنيسة في بيان أصدره شيخ الأزهر والبطريرك، وحددت موقفها من إسرائيل ذاتها، وجاء في كتيب أصدره بيت التكريس بحلوان، أن وراء زرع إسرائيل كدولة، وسط الشعوب العربية، عوامل تعتمد على أوهام دينية، واستمرت الكنيسة في دعم مكثف لحقوق مصر وفلسطين.
وأوفد البابا كيرلس السادس، الأنبا صموئيل، إلى الدول الغربية والعواصم الأوروبية، والولايات المتحدة لشرح الموقف المصري، كما أرسل رسالة إلى بابا الفاتيكان جاء فيها: لا يخفي ما أحدثه القرار الذي اتخذته إسرائيل بضم القدس العربية إليها، هزة عنيفة في مشاعر العرب، مسلمين ومسيحيين، وليس أشق على ضمير الإنسان ووجدانه من عمل عدواني يمس عقيدته ومقدساته، واختتم رسالته بعبارة قوية قال فيها: إن العرب لن يمكنوا إسرائيل من الأراضي المقدسة.
وعندما تنحي الرئيس جمال عبدالناصر، رأس البابا كيرلس، وفدًا من آباء الكنيسة، معلنًا تمسك الأقباط بعبدالناصر، ودقت أجراس الكنائس ابتهاجًا بعودة الرئيس، وتم في عهد ناصر بناء وتدشين الكاتدرائية المرقسية الجديدة، حيث تم وضع حجر الأساس يوم ٢٤ يوليو ١٩٦٥ بحضور رئيس الجمهورية جمال عبد الناصر، وفي ٢٥ يونيو ١٩٦٨ افتتحت الكاتدرائية رسميًا بحضور عبد الناصر والإمبراطور هيلا سلاسي وممثلي مختلف الكنائس المختلفة وكبار رجال الدولة.. وحتى عام ١٩٧٠ لم تحدث شكاوى طائفية، وظلت العلاقة بين الأقباط والنظام علاقة قوية.
وإذا كان البابا كيرلس السادس قد تمتع بعلاقة متميزة مع الرئيس عبد الناصر، فإن الرئيس عبد الفتاح السيسي أهدى شعب مصر، فى عهد البابا تواضروس الثاني، كاتدرائية ميلاد المسيح بالعاصمة الإدارية التي تفوق كاتدرائية العباسية حجمًا ومساحة وتجهيزات.
ولازالت العلاقة بين الكنيسة القبطية الأرثوذكسية والدولة في مسار وطني يقدم رسالة إلى العالم كله بأن مصر ستبقى على مر الزمن أمةً واحدة يعيش فيها شعبً واحد.
