على الرغم من دور المضادات الحيوية الفعال في العلاج والوقاية من العدوى البيكتيرية، إلا انها قد تقضي على بعض البكتريا النافعة في الجسم في حالة ذيادة الاستخدام.
وأفادت مراكز مكافحة الأمراض والوقاية منها، بأن ثلث استخدامات المضاد الحيوي ليس مناسبًا لجميع التشخيصات، فهي تعالج العَدوى البكتيرية، ولا تعالج العدوى(العَدوى الفيروسية)، ففي حالة تناوله فإنه يهاجم البكتيريا الموجودة في جسمك، وهي بكتيريا مفيدة .
ووفقا ل"مايو كلينك"، هناك أنواع العَدوى الفيروسية الشائعة الأخرى التي لا يساعد استخدام المضادات الحيوية في علاجها وهي الإنفلونزا، نزلات الزكام أو سيلان الأنف،السعال،التهاب القصبات والأذن والجيوب الانفية،إنفلونزا المعدة،مرض فيروس كورونا 2019 (كوفيد 19،السُّعال الديكي.
وذكر جيمس كينروس استشاري جراحة القولون والمستقيم بجامعة إمبيريال كوليدج لندن: "الميكروبات التي تعيش في الأمعاء تشكل شبكة معقدة من الكائنات الحية الدقيقة وكل الأشياء التي تحتاج إليها من أجل البقاء على قيد الحياة داخل الجسم
وذكر أطباء في جامعة جامعة نيويورك، بالولايات المتحدة الأميركية أن استخدام المضادات تزيد من خطر الإصابة بمرض التهاب الأمعاء مثل مرض كرون والتهاب القولون التقرحيً.
