كان للبابا الراحل شنودة الثالث العديد من المواقف الوطنية ليس فقط تجاه الوطن بل وتجاه الدول العربية، وكان من أهمها مواقفه الوطنية تجاه القضية الفلسطينية ومقولته الشهيرة «لن ندخل القدس إلا وأيدينا فى أيدى إخواننا المسلمين» ومنعه زيارة الأقباط للقدس رغم كل المعارضة من اتجاهات متعددة حتى لقبه العرب ليس فقط بابا الكنيسة الارثوذكسية بل لقبه بـ " بابا العرب " نظرا لمواقفه الوطنية.
ومن أبرز مواقفه الوطنية ما يلى:
- فى حرب أكتوبر 1973، عقد قداسة البابا شنودة اجتماعا مع الكهنة والجمعيات القبطية لحثهم على الإسهام فى دعم المجهود الحربى، كما شكل لجنة لجمع التبرعات ولجنة للإعلام الخارجى، كما قدمت الكنيسة 100 ألف بطانية لوزارة الشؤون الاجتماعية، و30 ألف جهاز نقل دم لوزارة الصحة.
- فى عام 1974 زار قداسته مدينة السويس الباسلة، وألقى كلمة تشجيع للجنود، ثم زار مقابر الشهداء ووضع إكليلا من الزهور على انصب التذكارى للشهداء.
- كما زار مدينة الإسماعيلية فى 11/9/ 1976، وألقى كلمة حيا فيها شهداء حرب أكتوبر، وزار الجيش الثانى الميدانى، وزار النصب التذكارى للشهداء، ووضع إكليلا من الزهور على النصب.
- فى يوم 9/10/1976، زار قداسته مدينة بور سعيد وعقد مؤتمر وطنى كبير، حضره محافظ بور سعيد ومدير الأمن، وفى اليوم التالى توجه قداسته مع المحافظ لزيارة مقابر الشهداء ووضع أكليل من الزهور هناك.
- عقب أحداث 18 و19 يناير1977، وجه قداسته بيانا إلى الرئيس السادات ووزعه على جميع الصحف ووسائل الإعلام قال فيه ( يعز علينا فى هذه ألفترة الدقيقة أن تتعرض بلادنا للتخريب والإيذاء، ويؤلم قلوبنا أن يكون هذا التخريب بأيدى بعض من أبنائها، إن التخريب ليس هو الوسيلة المعبرة عن الرأى، ولا هو الوسيلة الموصلة إلى الإصلاح، إن الضمير لا يرضى بالتخريب، ولا الرب يباركه).
- فى نفس العام وبالتحديد فى 11/10/1977 زار الرئيس الكاتدرائية المرقسية، وفيها قال قداسة البابا شنودة قوله المأثور: (مصر ليست وطنا نعيش فيه، بل وطن يعيش فينا، يعيش فى داخلنا، مصر هذه نحبها الحب كله ونحرص على سمعتها كل الحرص فى الداخل وفى الخارج أيضا ).
- عقب الأحداث المؤسفة التى وقعت خلال حقبة السبعينات، وكان الشباب القبطى غاضبًا وثائرًا جدا، عقد قداسته اجتماعه الأسبوعى يوم الجمعة 25 أبريل 1980 وحاول تهدئتهم قائلا (كما إننى مستعد أن أبذل حياتى من أجل أى واحد منكم كذلك أنا مستعد أن أبذل حياتى من أجل أى مسلم فى هذا البلد، فإن الحب الذى فينا لا يعرف تعصبا ولا تفريقا فنحن أخوة فى هذا الوطن..
- عندما سافر الرئيس الأسبق حسنى مبارك، إلى الولايات المتحدة الأمريكية لأول مرة، أرسل قداسته خطابا إلى أقباط المهجر بتاريخ 24 يناير 1982، قال لهم فيها (لا شك أن الرئيس مبارك سيقابل منكم بكل حفاوة وترحيب يليقان برئيس دولتنا الذى أمرنا الكتاب المقدس أن نحبه ونخضع له، وأمرتنا الكنيسة أن نصلى من أجله فى كل قداس وفى كثير من طقوسنا).
- فى شهر مايو 1994، أراد مركز ابن خلدون أن يقيم مؤتمرا فى القاهرة لحماية الأقليات، ووضع الأقباط ضمن الأقليات، وعندما سمع قداسة البابا شنودة بهذا الأمر أصدر بيانا قال فيه (نحن مصريون، جزء من شعب مصر ولسنا أقلية فى مصر– ولا أحب أن نعتبر أنفسنا أقلية ولا أن يسمينا البعض أقلية، فكل من عبارة أغلبية وأقلية، إنما تدل فى أسلوبها على التفرقة والتمييز أو التمايز بالنسبة إلى البعض– وهذا لا يليق بالنسبة لأبناء الوطن الواحد وبخاصة فى مصر المحبوبة.. ).
- عندما قدم الكونجرس الأمريكى مشروع قانون للحماية الدينية للمسيحيين فى الشرق الأوسط وجاء مندوب الكونجرس الأمريكى "فرانك وولف "إلى مصر وعقد مؤتمرا صحفيا يوم 25 / 7 /1998 اتهم فيه الحكومة بتجاهل ما أسماه بقضية اضطهاد الأقباط، رفض قداسته هذا المشروع، وقال إن مشاكلنا تحل داخل مصر وليس خارجها، والأقباط يرفضون أن يمارس أحد وصاية عليهم ولا يقبلون أى حماية من دولة أجنبية.
- وفى عام 2002 عقد البابا شنودة مؤتمرا شعبيا كبيرا فى الكاتدرائية المرقسية بعد تحديد إقامة عرفات دفاعا ودعما منه للقضة الفلسطينية والقضايا العربية.
- فى نفس هذا الإطار وفى صيف عام "2004 " جاء وفد ممن أسموا أنفسهم بــ (لجنة الحريات الدينية) لبحث أوضاع الأقباط فى مصر وطلبوا مقابلة قداسة البابا رفض قداسته مقابلتهم بشدة وأعلن موقفه الثابت والمستقر أن مشاكل الأقباط لن تناقش إلا داخل فى إطار الوطن والحكومة المصرية فقط: "إننا نرفض أى تدخل أجنبى فى شؤوننا الداخلية تحت أى مسمي
