قضى مسيرته الفكرية، منتقدًا أنماط التفكير الخاطئة، متبنيًا آليات الفكر الحداثى فى مواجهة الأفكار التى تربعت فى أركان وعينا الثقافى، غير مستثنٍ حتى أفكاره هو، بإخضاعها لتراكمات الخبرة، المعرفة، وما يستجد في عالم سريع التغير والتحول.
خلال رحلته الفكرية، رفض الخضوع لسجن الفهم الكهنوتى والبدائى للدين، ودعى لمواجهه الرعب، والجزع فى التعامل مع أفكار الحداثة والمعاصرة.
جاهر بانتقاده "الذهنية العنف"، حسب التعبير الذى اختاره، لوصف الحالة الذهنية للفكر المتطرف، وعلاقتها بانتشار "ثقافة ذهنية العنف" كحاضنة للتوحش، (سيد قطب مثال) وهى الثقافة التي تسمح بانجراف الأفراد في تيار التطرف، كمصدر مباشر للعنف ضد المجتمع، مستندًا لأيديولوجية فاشية دينية.
على صعيد مواجهة إشكاليات الاشتباك بين الدين، النص، وفهم النص؛ وإفرازاتها الفقهية؛ لم يخف طارق حجى انتقاده للعناصر السلفية - الرجعية، والطفيلية التى تتخذ من جسد الأزهر ملاذًا آمنًا، موفرة البيئة الحاضنة لانتشار "ثقافة ذهنية العنف".
هناك عش الدبابير الذى لا يجرؤ الكثيرون على الإقتراب منه، لم يخش طارق حجى من طرح أهمية وضرورة أن يلقى هذا الملف الإهتمام المباشر من القيادة السياسية، ودعى لأن ينحصر دوره فى الدراسات الإسلامية، وضم جميع الكليات النوعية الأخرى لإدارة التعليم العالى.
وهذا يستدعى، بالتبعية، التعامل مع فوضى أشكال التعليم الاساسى، وهو ما حذر منه الكثيرين ممن تعرضوا لهذا الملف، من أبرزهم المستشار السنهورى.
كثيرة هي الإشكاليات والتحديات، لم يبخل طارق حجى بجهده فى إلقاء الضوء على مشاكل العقل العربي المعاصر، ومحاولة تفكيك معضلاته، والتى من قِدَمِها، خلناها أصلًا عضويا فى جسدنا الفكرى والوجودى.
