يقول المتروبوليت نقولا مطران إرموبوليس (طنطا) وتوابعها ان الدير كنائسيًا وعقائديًا يتبع كنيسة الروم الأرثوذوكس.
ومن المعروف من التاريخ الكنسي أن طور سيناء، قبل بناء الدير، كان تابعًا روحيًا لإبرشية فاران، أو فيران، التي كانت إبرشية عظيمة ولها أسقف يقيم في وادي فاران(٢٤).
ويُعتقد أن أول أسقف قام على أسقفية فاران هو "الأسقف موسى" (۳٢٠ - ۳٦٠م)، قيل إنه هو الذي حول أهل فاران عن عبادة الأوثان وأدخلهم المسيحية(25)، وكان آخر مطارنة لها هو ثيودورس، عام 649م، وقد كانت إبرشية فاران تابعة روحيًا لإبرشية البتراء، التي كانت بدورها التابعة روحيًا لبطريركية أورشليم للروم الأرثوذكس.
بعد عام ٦٤٩م انتقل مركز الإبرشية من فاران ﺇلى طور سيناء، وأصبح رئيس الدير مطرانًا للإبرشية ولقبه "رئيس أساقفة دير طور سيناء وفاران والرايثو"، وكان أول رئيس أساقفة معروف للدير هو مرقص وذلك عام ٨٦٩م(٢٦). وهكذا بعد انتقال مركز إبرشية فاران التي كانت تابعة روحيًا لأبرشية البتراء ﺇلى طور سيناء، الواقع في الأراضي المصرية، التابع روحيًا لبطريركية اﻹسكندرية للروم الأرثوذكس، ظهرت مشكلة تبعية الدير بين كل من بطريركية أورشليم وبين بطريركية اﻹسكندرية.
ظلت أسقفية سيناء تابعة لبطريركية أورشليم حتى زمن الصليبيين، بعد تلك الفترة أعتُبرت أسقفية سيناء تابعة لبطريركية الإسكندرية للروم الأرثوذكس. ففي القرن الرابع عشر، بين الأعوام 1306- 1308م، شُرْطِنَ رئيس أساقفة سيناء "لعازر" من قِبَل بابا وبطريرك الإسكندرية أثناسيوس الثالث (1276-1316م)، مما أثار اعتراض البطريركية الأورشليمية التي اعتبرت سيناء تابعة لها روحيًا.
فاعترف البابا بطريرك الإسكندرية غريغوريوس الثالث (1354 - 1366م) بالتخلي عن غزة والبتراء، مما سبب غموض حدود الأبرشيات لكن خلفاءه واصلوا شَرطنة رؤساء أساقفة سيناء، وظل رؤساء أساقفة سيناء يُشَرْطَنُون من قِبَل باباوات وبطاركة الإسكندرية حتى رئيس الأساقفة سابا (+ 1435م).
في عام 1544 م ترتبت القضية قانونيًا في مجمع بمدينة بالقسطنطينية، الذي قضى بتبعية أسقفية سيناء لبطريركية أورشليم وكذلك شرطونية أساقفة سيناء. ثم في عام ١٥٥7م التأم مجمع في مدينة القاهرة باشتراك بابا بطريرك الإسكندرية يواكيم وبطريرك أورشليم جرمانوس وبطريرك أنطاكية يواكيم وأُقر بتبعية أسقفية سيناء لبطريركية أورشليم، وأن رئيس الدير هو برتبة "رئيس أساقفة" ويتم اختياره من مجلس إدارة الدير المكون من 12 شيخًا من رهبان الدير.
ثم في عام 1575م التئم مجمع محلي في مدينة القسطنطينية اشترك فيه بطريرك أورشليم جرمانوس وبطريرك أنطاكية يواكيم ومطارنة آخرون، واعترف هذا المجمع في قراراته باستقلال أسقفية سيناء عن كل مـن البطريركية الإسكندرية وبطريركية أورشليم، وأن رئيس دير سيناء هو أسقف منتخب من قبل مجموعة رهـبان الديـر ويُشَرطَن من قِبَل بطريرك أورشليم، كما أكد المجمع على لقب رئيس الدير، وهو "رئيس أساقفة"، وهذا القرار يَستند ﺇلى قرار سابق للإمبراطور يوستـنيانوس، وتم تثبيت هذا القرار في عام ١٩۳٢م، وهكذا وجدت قضية الوضع القانوني الكنسي للدير حلها النهائي(٢٧).
