يعود انتشار الأرثوذكسية في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى إلى ما يقرب من المائة عام الماضية، في حين كانت الأرثوذكسية في شمال أفريقيا أقدم.
أما الكنائس الغربية، الكنيسة الكاثوليكية والكنيسة الأنجليكانية ومختلف الكنائس البروتستانتية، فقد بدأت إرساليتها بوجود الاستعمار في أفريقيا، منذ مطلع القرن السابع عشر، بمساعدة حكومات لها. وكان هناك إدراك قوي بين الأفارقة بأن الحكام البيض لم يرغبوا في أن يتعرف الأفارقة على الأرثوذكسية لأنها لم تكن مرتبطة بالقوى الاستعمارية.
بدأ الوجود الأرثوذكسي في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى بين المهاجرين اليونانيين في السنوات الأولى من القرن العشرين، وبقي هناك باعتباره في المقام الأول كنيسة المهاجرين. لكن في الآونة الأخيرة تحت الصحراء بدأت النمو الرئيسي بين الشعوب الأصلية في وسط وشرق أفريقيا الذين وجدوا المسيحية الأرثوذكسية بعد أن أصبحوا غير راضين عن الممارسات التبشيرية المسيحية الغربية.
في عام 1929 كان التعليم في ذلك الوقت في المستعمرات البريطانية تحت السيطرة الكاملة للبعثات الأجنبية، وكانت جميع المدارس للكنيسة الميثودية والأنجليكانية.
كانت هناك حالات عديدة في أفريقيا من الناس يقرؤون عن الكنيسة الأرثوذكسية في الكتب، ثم يسافرون، في كثير من الأحيان لمسافات طويلة، لمحاولة العثور على الكنيسة الأرثوذكسية، ويمكن وصف هذا بـ"الكرازة الأدبية" التي تؤدي إلى "الكرازة العقلية".
في العام 1926م أصبح لبطريرك الإسكندرية السلطة الروحية على كل أفريقيا، وبالتالي أصبحت تقريبا جميع البعثات الأرثوذكسية في أفريقيا تحت جناحها، مما أدى إلى رعايتها للبعثات التبشيرية الأرثوذكسية العاملة جنوب الصحراء الأفريقية.
بعد الحرب العالمية الثانية تكثف الحكم الاستعماري في أفريقيا، وفي عام 1952 تم حظر الكنيسة الأرثوذكسية وتم إغلاق مدارسها ومعابدها من قبل النظام الاستعماري. أحرقت العديد من الكنائس من قبل القوات المسلحة ، ووضع رجال الدين في معسكرات الاعتقال خلال تلك الفترة عاملت الكنيسة الاستعمارية البريطانية الكنيسة الأرثوذكسية بنفس الطريقة التي عالج بها البلاشفة الكنيسة الأرثوذكسية الروسية. لكن الكنيسة الأرثوذكسية كانت تنمو بسرعة، حتى تم حظرها في الخمسينات.
كان واحدا من عوامل الجذب للأفارقة تجاه الكنيسة الأرثوذكسية أنها لم تتوافق مع القوى الاستعمارية. وهذا تميزها عن الكنيسة الكاثوليكية وبعثاتها التي كانت مرتبطة مع الحكم الفرنسي والبرتغالي، وعن الكنيسة الأنجليكانية ومختلف الكنائس البروتستانتية وبعثاتها التي ارتبطت مع الإمبراطورية البريطانية. وقد سعت هذه الكنائس إلى تشويه سمعة الكنيسة الأرثوذكسية والتقليل من شأنها وأجروا دعاية معادية ضدها. بالإضافة إلى ذلك، فإن هذا الجانب أحدث أيضا معاداة من السلطات الاستعمارية تجاه الكنيسة الأرثوذكسية في أفريقيا، ويُثبت ذلك الأحداث المزعجة التي حدثت خلال حركات الاستقلال بعد الحرب العالمية الثانية. فبعد عشر سنوات من القمع من قبل النظام الاستعماري البريطاني والدعاية الخادعة للأنجليكان وللكاثوليك والبروتستانت الذين أيدوا ذلك، كانت الكنيسة الأرثوذكسية في أفريقيا في حالة محفوفة بالمخاطر.
منذ عام 1980 كان هناك نمو سريع ، ليس فقط في كينيا وأوغندا ولكن أيضا في وسط وغرب أفريقيا أيضا. وقد تميز هذا النمو بمجموعة مذهلة من أنشطة وأساليب الإرساليات التبشيرية الأرثوذكسية. في أوقات وأمكنة معينة، غالبًا ما تُلاحَظ الإرسالية التبشيرية المسيحية لنُهُج معين يميز هذا الزمان والمكان، وهو نادر أو غير موجود في أوقات أو أماكن أخرى. ومع ذلك، ففي الإرسالية التبشيرية أرثوذكسية في إفريقيا الاستوائية، يمكن للمرء أن يجد فقط كل أسلوب وطريقة مهمة جُربت في أي مكان.
في عام 1988 وضعت الكنيسة الإسكندرية الأرثوذكسية برنامجًا تطويريًا طموحًا للخدمات الصحية والمدارس في أفريقيا، كان غير موجود تقريباً قبلاً. وقد تم إحراز تقدم في بعض الأماكن ، بينما في حالات أخرى ، لم يحدث شيء. في مثل هذه المشاريع، غالباً ما تم تقديم المساعدة من قبل كنائس فنلندا واليونان وقبرص، ومن قبل مركز البعثة المسيحية الأرثوذكسية في الولايات المتحدة الأمريكية. وقد سافر فريق من المتطوعين على المدى القصير من هذه البلدان لمساعدة السكان المحليين في بناء وتجهيز العيادات والمستوصفات والمدارس والكنائس. كما توجد أكاديمييه نيروبي في كينيا، التي أنشأها مكاريوس رئيس ساقفة قبرص، وتضم كلية للاهوت لتخريج الكهنة الأفارقة والذين يرسل البعض منهم لإتمام دراسته في اليونان بمنحة من الحكومة اليونانية.
بحسب تقويم بطريركية الإسكندرية وسائر أفريقيا. اليوم يبلغ عدد الإبراشيات 29 إبراشية يترأس كل منها متروبوليت، وعدد الأسقفيات 6 أسقفية يترأسها أسقف مساعد للمتروبوليت الذي ينتمي إليه الأسقف. ويوجد عدد 3 متروبوليت وعدد 6 أساقفة من الأفارقة من أهل البلاد المحليين.
