اهتم البابا شنودة الثالث بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية الراحل، بالكنائس الأخرى والطوائف المسيحية في الداخل والخارج، فعمل على تقريب وجهات النظر والتفاهم من أجل حل المشكلات اللاهوتية والعقائدية، حتى تنتهي الكنائس إلى الوحدة التي كانت قائمة قبل الانقسام، فكان حريصا على أن يلتقي المطارنة والبطاركة ورؤساء الكنائس الذين يزورون القاهرة إما لتفقد رعاياهم أو للسياحة.
ومن أبرز زيارات البطريرك الخارجية، زيارته التاريخية إلى الفاتيكان في مايو 1973، وكان بذلك أول بابا قبطى يزور روما منذ القرن الخامس الميلادي.
وفى عام 1972 زار البابا شنودة البطريرك المسكونى ديمتريوس الأول بطريرك القسطنطينية، وفى عام 1987، استقبل قداسته في القاهرة البطريرك المسكونى الراحل ديمتريوس الأول، بطريرك القسطنطينية أثناء زيارته لمصر، وفي عام 1993 استقبل بالمقر الباباوي بالقاهرة البطريرك المسكونى بارثليماوس بطريرك القسطنطينية.
أما فى عام 1988، فزار قداسته روسيا لحضور احتفالات العيد الألفى لمعمودية روسيا، بينما في 1991 استقبل بطريرك روسيا فى دير الأنبا بيشوى بوادى النطرون، وكانت تلك أول زيارة لبطريرك روسى إلى مصر.
مؤتمرات عالمية وحوارات لاهوتية
أرسل بابا الإسكندرية الراحل، وفودًا عديدة من الكنيسة القبطية إلى المؤتمرات المسكونية والمؤتمرات اللاهوتية.
وفى يناير 1989، بدأ الحوار اللاهوتى بين الكنيسة القبطية الأرثوذكسية والكنيسة الإنجيلية، وكان الجانب القبطى برئاسة البابا شنودة الثالث، والجانب الإنجيلى برئاسة القس صموئيل حبيب رئيس الطائفة الإنجيلية فى مصر، وكان الاجتماع فى المقر الباباوى فى دير الأنبا رويس، واستمر لمدة أربع ساعات، أعقبه تناول الغداء على مائدة البابا، وتم عرض وجهات النظر بين الطرفين، واتفقوا على لقاءات أخرى لتقريب وجهات النظر.
وبالفعل تم لقاء ثان فى يونيو 1989، وثالث في فبراير 1990 بالمقر الباباوى فى دير الأنبا رويس.
كما دار أول حوار لاهوتى بين الكنيسة القبطية والكنيسة الأنجليكانية (الأسقفية)، والذى تم فى لندن، وكان اللقاء الثانى فى ضيافة البابا شنودة فى المقر الباباوى فى دير الأنبا بيشوى بوادى النطرون، فى الفترة من 12 إلى 18 مارس سنة 1990، وحضره من جانب الكنيسة الأنجليكانية مندوب عن رئيس أساقفة كانتربرى، وأسقف من كندا، وأسقف من الكنيسة الأسقفية بمصر، وحضره أيضا مندوبون من كنائس أخرى غير مشتركة فى الاجتماع كمراقبين.
الحوار مع الكنيسة الأرثوذكسية البيزنطية
دارت حوارات كثيرة بين الكنيسة القبطية والكنيسة الأرثوذكسية البيزنطية، وآخرها اللقاء الذى تم فى ضيافة قداسة البابا الراحل فى الفترة بين 20 - 25 يونيو 1989، فى المقر الباباوى بدير النبا بيشوى بوادى النطرون، وقد توج هذا اللقاء باتفاق تاريخى ينهى الخلاف حول طبيعة السيد المسيح، والذى دام أكثر من 1500 سنة .
وفى سبتمبر 1990 تم تأكيد الاتفاق السابق ودعوة الكنائس الأرثوذكسية إلى رفع الحرومات المتبادلة أثناء الحوار الأرثوذكسى فى شامبيزى بسويسرا.
وفى ديسمبر 1994، انعقدت اللجنة الفرعية المنبثقة من الحوار، وهى لجنة مصغرة تبحث فى الأمور الليتورجية، هدفها تحقيق الوحدة والتقارب العقيدى، بما لا يخل بأصول العقيدة المسيحية حتى يتحقق أمل الطائفة الأرثوذكسية وكنائسها فى الوحدة.
الحوار بين الكنيسة القبطية والكنيسة الكاثوليكية
بعد الزيارة التى أجراها بابا الكنيسة القبطية الأرثوذكسية روما ولقائه في عام 1973، مع بابا الفاتيكان الراحل بولس السادس، تشكلت لجان بين الكنيستين هدفها تقريب وجهات النظر وبحث مواضيع الخلاف بين الكنيستين، وأسفرت هذه اللقاءات الرسمية وغير الرسمية عن الإتفاق على بعض البنود أهمها الاتفاق على طبيعة السيد المسيح والذى تم بدير الأنبا بيشوى بوادى النطرون وذلك فى عام 1988.
حوار بين الكنيسة القبطية وباقى الكنائس
وتم حوار على هامش لقاءات مجمع الكنائس العالمي وعضوية الكنيسة القبطية فى المجالس الكنسية مثل كنيسة السويد والكنائس المصلحة وغيرها، وأصبحت الكنيسة القبطية عضو مؤسس فى مجلس الكنائس العالمى ومجلس كنائس الشرق الأوسط ومجلس كنائس أفريقيا.
الكنيسة القبطية والكنيسة الإريترية
وعندما استقلت إريتريا عن إثيوبيا، ذهب وفد رفيع المستوى من أريتريا إلى المقر الباباوى فى دير الأنبا رويس في يوليو 1993، برئاسة رئيس الدولة وبعض رجال الدين الإريتريين ومعهم سفير أريتريا فى مصر، وقال الرئيس الإريتري أسياس أفورقي لقداسة البابا: «إريتريا دولة مستقلة وتريد أن تكون لها كنيسة مستقلة أيضاً عن إثيوبيا، وأن الكنيسة القبطية بشرت إريتريا قبل إثيوبيا».
وبعدها، دعا البابا الراحل المجمع المقدس للكنيسة القبطية إلى جلسة خاصة لدراسة ذلك الموضوع، وتم تكوين أول مجمع مقدس لإريتريا في عيد العنصرة عام 1994.
