يعتبر رئيس الملائكة ميخائيل شفيعاً وحارساً للرهبان لذلك يوجد فى أعلى كل حصن دير، كنيسة صغيرة على اسم الملاك، ولم يخرج حصن دير السريان بوادى النطرون عن هذا التقليد.
يوجد الحصن على يمين الباب الأثرى للدير من الجهة الغربية وهو حصن عالى كان يلجأ إليه الرهبان لإتقاء غارات البربر وغيرهم .
يبلغ إرتفاعه ١٨ متراً وطوله ١٤ متراً وعرضه ١٣ متراً يتكون من ٤ طوابق يفتح بابه فى الطابق الثانى، ويتم الوصول إليه بقنطرة من الخشب السميك والتى ترتكز على باب الحصن وبناء مقابله ترفع هذه القنطرة عند اللزوم بسلاسل مثبتة من خلفها وله باب سميك فلا يستطيع أحد ما أن يصل الحصن بعد رفع القنطرة وكل طابق به حجرات واسعة.
فى عام ١٧٨٢ م قام المعلم إبراهيم الجوهرى بتجديد هذا الحصن وكذلك كنيسة رئيس الملائكة ميخائيل التى بأعلاه وصنع لها حجاباً مطعماً بالعاج عليه كتابة تفيد بأن المهتم بها هو المعلم إبراهيم الجوهرى سنة ١٤٨٩ش = ١٧٨٢م .
وتقام صلوات بهذه الكنيسة خاصة فى عيد رئيس الملائكة ميخائيل ١٢ هاتور ، ١٢ بؤونه إذا يسهر رهبان الدير فى تسابيح وألحان حتى الصباح يعقب ذلك القداس الإلهى .
ويذكر التاريخ ان المعلم إبراهيم الجوهرى( القرن الثامن عشر) كان يتصف بكرمه وعطاياه السخية للأديرة والكنائس الفقراء فقد أحضر ذات مرة للدير خمسين أردباً من الترمس لأنه كان يعتبر الطعام الوحيد للرهبان عندما يلازمون الحصن ، لأنه لا يسوس أو يتلف أثناء تخزينه.
