كان للشيخ عبدالمجيد سليم شيخ الأزهر موقف حاسم من ثورة 23 يوليو وقد ترتب عليه تقديم استقالته من المشيخة للمرة الثانية في ١٧ سبتمبر ١٩٥٢، اي قبل أن ينقضي شهران على قيام الثورة، وذلك بسبب ما أعتبره تدخلًا في شئون الأزهر من رجال الثورة وذلك من خلال فرض أشخاص بعينهم على الشيخ كان لا يراهم أهلًا للقيادة، ورشحتهم حكومة الثورة للمناصب المرموقة ليكونوا حسب تصورها أداةً لتنفيذ ما تشاء بعيدًا عن منطق القانون، ولكن الشيخ عبدالمجيد سليم شيخ الأزهو رفض كل تدخل في الأزهر وتقدم باستقالته.
حاول السيد «فتحى رضوان» الوزير المسئول عن الأزهر فى تلك الفترة، ان يثنيه عن الاستقاله ولكنه أصر على موقفه.
وبدلا من أن يُشكر للرجل غيرته علي الأزهر الشريف وعلي أستقلاليته ، سارع المنافقون والانتهازيون الذين يأكلون على كل مائدة فملؤوا الجرائد سوادا بنقده وأنه معارض للحق ويقف في وجه عهد التحرير والحرية، ولكن يأبي الله إلا أن يأتي إنصافه من خارج مصر.
وكتب مراسل أجنبي مقالا تحت عنوان «شخصية الأسبوع» في جريدة (البروجريه دايمنش)، أشار فيه إلى مقترحات الشيخ بشأن ما يراه في الإصلاح ومعارضته لما يُملى عليه من أمور لا تتفق والصالح الأزهري، كما قالت الجريدة ما نصه: «إن الشيخ عبدالمجيد سليم يتمتع بثقة الغالبية من رجال الدين وكبار العلماء، وهو معروف بالتقوى والورع، وما حاول قط أن يفيد لنفسه، إذ جعل همه الأول مصلحة الأزهر قبل مصلحة الأفراد، ومن أجل ذلك كافح في سبيل إنقاذ هذه المؤسسة الدينية، وهو لا يخشى إلا الله، ولا يساوم على كرامته ولذلك يستحق كل تقدير».
أضافة إلي موقفه هذا، فقد كان أيضا ضد القوانين التي أصدرتها حكومات الثورة الأولي، حيث أصدرت عدداً من القوانين كان هدفها إبطال نظام الوقف وبدأت بالقانون رقم ١٨٠ لسنة ١٩٥٢ الذي نص على حل الأوقاف الأهلية وتوزيع أصولها علي المستحقين كل بحسب نسبة ما يستحقة من الريع
كما كان ضد قانون الإصلاح الزراعي وكان سببا في تهديده بعزلة لأنه أعلن عدم مشروعية «قانون الإصلاح الزراعى» وقال إذا كانت الحكومة تريد إنعاش الفقراء فليكن ذلك إما برفع قيمة الضرائب أو باستحداث سياسات جديدة تفتح استثمارات جديدة تستوعب البطالة والفقر، أما مصادرة «الأصول» من أصحابها فذلك عمل غير مشروع، وكان ضباط الثورة فى تعجل وإصرار فأصدروا قانون الإصلاح الزراعى، رغم عدم وجود برلمان، ورغم عدم موافقة الأزهر، فإعترض شيخ الأزهر الشيخ عبدالمجيد سليم وقدم استقالته لكنهم عجزوا عن إيجاد بديل له فكل من يصلح رفض أن يتولى المنصب بعد استقالة الشيخ عبدالمجيد.
