مر إخوان ليبيا خلال حكم نظام القذافى بمرحلتين، الأولى التى كانت تتسم بالتوافق والتعاون، حيث لعب الإخوان دورا بارزا فى وقوفهم لجانب القذافى الأب فى انقلابه على الملك إدريس السنوسى عام ١٩٦٩.
كما أكسب تعاونهم مع القذافى بعض قياداتهم مناصب عليا فى الدولة، وأظهروا توافقا مع النظام، لكن ذلك لم يدم طويلا، ففى عام ١٩٧٣ أقدم القذافى على الإطاحة بالجماعة حين أصدر قراراته بمنع نشاطها وحظرها. ودفعت الاعتقالات التى طالت إخوان ليبيا لإعلان حل الجماعة، حيث أدى الإعلان لتوقف محاكمتهم والإفراج عنهم. وفى مرحلة ثانية، حظر النظام أنشطة الإخوان فى إطار توجه عام يشمل سائر الأحزاب والتيارات السياسية تحت شعار أطلقه النظام «من تحزب خان». هذه الفترة دفعت أعضاء الجماعة للفرار إلى الخارج، ومن هناك راقبوا من بعيد وعززوا خبرتهم السياسية التى اكتسبوها فى الأعوام الأخيرة لحكم القذافى.
وتسللوا لاحقاً فى أجهزة الدولة وبعد قرابة عشر سنوات من الإبعاد القسرى عاد الكثير منهم فى منتصف الثمانينيات ليتابعوا عمل التنظيم بشكل سرى لم يدم ذلك طويلاً.
وفى عام ١٩٩٨، اكتشفت السلطات الليبية تنظيما سرياً للإخوان، فاعتقلت ١٥٠ قيادياً، ليتبع ذلك تدخل سيف الإسلام القذافى وتقديمه مشروع مصالحة تحت اسم «ليبيا الغد».
واستطاع سيف الإسلام بعد التفاوض معهم فى السجون أن يجعلهم شركاءه فى المشروع، وأفرج عنهم فى مارس عام ٢٠٠٦، فغادر قسم منهم إلى خارج البلاد، بينما فضل قسم آخر البقاء تحت ظل سيف الإسلام.
وبعد الإطاحة بنظام القذافى عام ٢٠١١، عاشت جماعة الإخوان عصراً سياسياً جديداً، وأنشأت «حزب العدالة والبناء»، وخاضت به غمار انتخابات المؤتمر الوطنى العام عام ٢٠١٢.
وحلت فى الانتخابات فى المركز الثانى، لكن تنظيم الإخوان سرعان ما منى بخسارة فادحة فى انتخابات المؤتمر الوطنى عام ٢٠١٤.
فى المقابل رفض الإخوان النتائج وأعلنوا الانقلاب عليها وحشد الميليشيات فى عملية «فجر ليبيا» ونصبوا أنفسهم بقوة السلاح على طرابلس. يذكر أن إخوان ليبيا تعرضوا خلال الأشهر الماضية لانتقادات من برلمانيين وسياسيين ليبيين تتعلق بإجراء الانتخابات البرلمانية والرئاسية فى ٢٤ ديسمبر ٢٠٢١، حيث رفض رئيس مجلس الدولة فى ليبيا، الإخوانى خالد المشرى، إجراءها، معلنا عدم مشاركته كناخب أو مرشح، كما طالب بانتخابات برلمانية فقط فى فبراير المقبل. كذلك، وجهت اتهامات لهم من قبل عضو مجلس النواب عن مدينة الزاوية الليبية، على أبو زربية، فى سبتمبر الماضى، بانتهاز الفرص والقفز على مطالب الشعب لتحقيق أهدفهم.