نعى القس رفعت فكري سعيد، الأمين العام المشارك بمجلس كنائس الشرق الأوسط، رئيس مجلس الحوار والعلاقات المسكونية بسنودس النيل الإنجيلي، الأنبا إبراهيم إسحق في رحيل الأنبا يوحنا قلته، وجاء نص برقية التعزية كالآتي:
أتقدم إلى غبطتكم وللكنيسة الكاثوليكية بخالص التعزيات القلبية لنياحة صاحب النيافة الأنبا يوحنا قلته المعاون البطريركي للأقباط الكاثوليك طالبين تعزيات الروح القدس لغبطتكم وللكنيسة.
ورحل صباح اليوم الثلاثاء، الأنبا يوحنا قلته وأعلنت الكنيسة الكاثوليكية عبر صفحتها الرسمية منذ قليل أنه جار ترتيب تفاصيل صلاة الجنازة والدفن والعزاء، وأنها ستعلن بعد قليل التفاصيل كاملة في بيان رسمي.
ولد الراحل باسم كمال قلته بقرية القطنة بطهطا سنة 1937م، والتحق بالمدارس الكاثوليكية، وصار كاهنًا في 25/9/1960م ثم حصل على ليسانس الدراسات العربية والإسلامية سنة 1965م ثم الماجستير سنة 1972م ، وفي عام سنة 1981م حصل على درجة الدكتوراه من جامعة القاهرة.