بُنيت هذه الكنيسة فوق مغارة الميلاد والمذود، بأمر من الإمبراطور قسطنطين وبإشراف أمه الملكة هيلانة فى سنة 326 م، وفى سنة 529 م، هدم السامريون الكنيسة بأكملها وأشعلوا فيها النار. عوضًا عنها شيّد الإمبراطور يوستنيان Justinian سنة 534 م الكنيسة الحالية، وقد أعرض الفرس عن تدميرها كلية سنة 614 م بسبب لوحة ملوك الفرس (المجوس) على واجهتها، إحترامًا لمهد السيد المسيح. وفى يوم عيد الميلاد من سنة 1101 م، تُوّج الملك بلدوين Baldwin ملكًا على المملكة اللاتينية فى فلسطين (وأصبحت القدس عاصمتها)، كأوّل ملك صليبى. وزيّن الصليبيون الكنيسة بالفسيفساء والرخام، وسُلّمت الكنيسة إلى رعاية الآباء الفرنسيسكان سنة 1347 م، الذين أجروا فيها الإصلاحات اللازمة فى سنة 1480 م.
تُحيط بجدران كنيسة المهد ثلاثة أديرة: دير الاباء الفرنسيسكان – دير الروم الأرثوذكس – دير الأرمن الأرثوذكس. مدخل الكنيسة صغير جدًا، ولذا يسمى أحيانًا "باب الإتضاع"، وعتبة البوابة اليوستنيانية مرئية فوق القوس الصليبى، وفى سنة 1500 م ضيقت البوابة لمنع دخول خيل الجنود إلى الكنيسة.
طول الكنيسة 54 مترًا وعرضها 26 مترًا، وصحن الكنيسة ينقسم إلى خمسة أجنحة، يفصل بينها أربعة صفوف من الأعمدة، عددها 44 عمودًا. نرى على جدران صدر الكنيسة الرئيسى بعض بقايا الفسيفساء التى كانت تزين الكنيسة فى القرن الثانى عشر، كما توجد أيضًا بعض الفسيفساء فى أرضية الكنيسة من بقايا الكنيسة البيزنطية الأولى.
تقع مغارة المهد تحت صحن الكنيسة إلى الشرق، وهى المزار الرئيسى فى هذا المكان المقدس، وهناك درجان يؤديان إلى المغارة على جانبى مذبح المهد، وحسب التقليد أن فى هذه المغارة وُلد السيد المسيح، وتشير إليه نجمة فضية تحمل الكتابة التالية باللغة اللاتينية “Hic de Vergine Maria Jesus Christus natus est” وترجمته باللغة العربية "هنا ولدت العذراء مريم يسوع المسيح"
وعن يمين المغارة نجد "المذود"، الذى تغطيه الآن لوحات من الرخام، وحسب التقليد أن الرعاة جاءوا إلى هذا المكان ساجدين. الباب فى آخر المغارة صلة وصل مع المغاور الأخرى المجاورة، التى يمكن الدخول إليها من كنيسة الآباء الفرنسيسكان.
من المغارة صعودًا نحو الجناح الشمالى، ندخل إلى كنيسة القديسة كاترين الإسكندرانية، والتى بناها الاباء الفرنسيسكان سنة 1881 م. وإلى اليمين، الدرج الذى يؤدى إلى مغارة عاش فيها القديس جيروم Hieronymus (385 - 420 م)، وقد قام بترجمة الكتاب المقدس بعهديه القديم والجديد إلى اللغة اللاتينية المعروفة بـ "Vulgata" فى هذه المغارة (تقع تحت كنيسة القديسة كاترينة).
كذلك عُثر على مغارة أطفال بيت لحم، وهى المغارة التى دُفنت فيها أجساد الأطفال الأبرياء الذين أمر هيرودس الملك بقتلهم وهو يبحث عن الطفل يسوع ليقتله. ويوجد فوق باب المغارة مذبح على إسم "أطفال بيت لحم" وإلى جواره مذبح على اسم " يوسف النجار". ومن هذه المغارة يفتح باب إلى كنيسة القديس جورجيوس، كما توجد على يسار المغارة منارة مرتفعة توجد بها عدة أجراس.
