دشن قداسة البابا تواضروس الثاني بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية ، اليوم الخميس ، مذابح وأيقونات كاتدرائية دير القديس الأنبا توماس السائح، بمشاركة عدد من أحبار الكنيسة ومجمع رهبان الدير.
كما دشن البابا تواضروس الثاني ثلاثة مذابح في كاتدرائية دير القديس الأنبا توماس السائح بالخطاطبة، إلى جانب أيقونة البانطوكراتور في شرقية كل هيكل وحامل الأيقونات (الأيكونوستاس).
وتم تدشين المذبح الرئيس على اسم القديس الأنبا توماس السائح والمذبح البحري على الشهيد مار بقطر والمذبح القبلي على اسم القديس البطريرك ساويرس الأنطاكي.
الجدير بالذكر يقع الدير بمنطقة الخطاطبة، وبدأ بقطعة أرض تبلغ مساحتها ٢٢٠ فدان اشتراها المتنيح الراهب القمص أبرآم الصموئيلي، ثم شراء أراضٍ أخرى لتصل المساحة الإجمالية إلى ٦٠٠ فدان.
بدأ العمل به عام ٢٠٠٣ حيث تم بناء سور بطول كيلومتر واحد وبارتفاع خمسة أمتار تلا ذلك بناء منطقة قلالي الرهبان عام ٢٠٠٥ وإحاطتها بسورٍ خاص بها لتوفير الخصوصية المطلوبة لحياة الرهبان، وهي تبعد لمسافة واحد كيلو متر عن المنطقة المخصصة لزائري الدير.
بدأ العمل بمنطقة الزائرين عام ٢٠٠٧ على مساحة ١٢ فدان، وهي تحوي حاليًا كاتدرائية مقامة على مساحة ١٠٠٠ كيلو متر مربع، وكنيسة على الطراز الأثري على مساحة ٤٠٠ متر مربع، وقاعة ضيافة للزائرين تسع حوالي ٥٠٠ شخص.
اعترف المجمع المقدس برئاسة البابا شنوده الثالث، بالدير كامتداد لدير القديس الأنبا توماس السائح بسوهاج، وذلك في جلسته المنعقدة يوم ٢٦ مايو ٢٠٠٩.
زاره قداسة البابا تواضروس الثاني للمرة الأولى يوم ١٥ مايو ٢٠١٦ وتفقد مبانيه وعقد جلسة أبوية مع الرهبان وطالبي الرهبنة.
تمت سيامة الأنبا ساويرس أسقفًا عامًا بيد قداسة البابا تواضروس الثاني يوم ٢٥ نوفمبر ٢٠١٨ وأسندت اليه مسؤولية الإشراف على الدير إلى جانب دير القديس الأنبا موسى القوي بطريق العلمين، قبل أن يتم تجليس نيافته أسقفًا ورئيسًا على الدير في شهر مارس الماضي، إلى جانب دير الشهيد مار بقطر بالخطاطبة، المجاور للدير.
