عاد للأضواء مرة أخرى الخلاف الذي استمر ما يقرب من 1500 عام ما بين النسطوريين والكنيسة الأثوذكسية لعدم الاتفاق على تعبير والدة الإله بعد ما كان النسطوريين، وهو معتقد ديني مسيحي رافض لمجمع أفسس المعقود سنة 431 م، ويعرف داعمو كيرلس الأول النسطورية بأنها العقيدة القائلة بأن يسوع المسيح مكون من جوهرين يعبر عنهما بالطبيعتين وهما: جوهر إلهي وهو الكلمة، وجوهر إنساني أو بشري وهو يسوع ، فبحسب النسطورية لا يوجد اتحاد بين الطبيعتين البشرية والإلهية في شخص يسوع المسيح، بل هناك مجرد صلة بين إنسان والألوهة، وبالتالي لا يجوز إطلاق اسم والدة الإله على مريم العذراء بحسب النسطورية، لم تلد إلهاً بل إنساناً فقط حلت عليها كلمة الله أثناء العماد وفارقته عند الصليب، فيكون هذا المذهب بذلك مخالفاً للكنيسة الأرثوذكسية بوجود أقنوم الكلمة المتجسد الواحد ذي الطبيعتين الإلهية والبشرية
سميت هذه العقيدة باسم نسطور بطريرك القسطنطينية الذي فضل استعمال عبارة كريستوطوقس (والدة المسيح) بدلا عن الثيوطوقس (والدة الله) في وصف مريم العذراء، ما أدى إلى نشوب خلاف عقائدي بينه وبين كيرلس بطريرك الإسكندرية أدى في نهاية الأمر إلى حرمانه ومنع تعاليم مدرسة الرها المقربة منه. غير أن نسطور نفى في كتابه بازار هيراقليدس الذي كتبه في منفاه بمصر أن يكون قد دعا إلى فصل الطبيعتين. كما يرى معظم لاهوتيي القرن العشرين أن نسطور نفسه لم يكن نسطوريا بحسب التعريف التقليدي لها.
أدى إغلاق مدرسة الرها إلى نزوح معلميها وطلابها الذين تعاطفوا مع نسطور إلى مدرسة نصيبين الواقعة ضمن الإمبراطورية الساسانية وأحد معاقل كنيسة المشرق الرئيسية. وكنيتجة لتأثيرهم لم تعترف كنيسة المشرق بمجمع أفسس ما أدى إلى وصفها بالنسطورية. ويتفق اللاهوتيون أن وصف كنيسة المشرق بالنسطورية غير دقيق من الناحيتين العقائدية والتاريخية. كما نعت أتباع مجمع خلقيدونية الذي حاول حل الخلاف النسطوري ب"النساطرة" من قبل الأرثوذكس المشارقة وخاصة في الفترة التي سبقت وصول جستينيان الأول لسدة الحكم على الإمبراطورية البيزنطية.
أدى دعم كنيسة المشرق لنسطور ورفضها لمجمع أفسس في سينودس بيث لافط سنة 484 إلى وصفها بـ"الكنيسة النسطورية"، حيث يعتبر نسطور أحد قديسيها كما سمي أحد أنافورات كنيسة المشرق باسمه. كما تباين رأي أتباع الكنيسة بين من دافع عن نسطور كونه مدافعا عن "العقيدة الأرثوذكسية" وبين من رأى أنه ليس من آباء كنيسة المشرق وبالتالي فإن أفكاره، بغض النظر عن كونها هرطقة أو لا، ليست بذات أهمية بالنسبة لهذه الكنيسة.
وقال الدكتور القس إكرام لمعي رئيس المجمع الأعلى للكنيسة الإنجيلية المشيخية بمصر وأستاذ مقارنة الأديان بكليات اللاهوت: إن الخلاف ما بين النسطوريين وبين الكنيسة الأرثوذكسية فهو خلاف نظري وفلسفي أكثر ما هو عملي ومن أجل ذلك اتفقوا مؤخرا مع بعض أما الكنيسة الإجيلية المشيخية فلا تؤمن بتعبير والدة الإله على أساس أن العذراء مريم حبلت بالمسيح كلمة الله بالروح القدس ونؤمن أيضا بأن المسيح هو الله لكن التعبير نفسه صادم لغير المسيحيين.
