حاولت جماعة الإخوان احتواء الثورة الشابة التي قادها الضباط الأحرار عام 1952، لكن تبين أن الطريق مسدود، حولت الإخوان وجهتها من الاحتواءل لعداء، فبدأ الصدام، وفي يوم الجمعة 27 أغسطس 1954، تحديداً في حي منيل الروضة وعقب صلاة الجمعة اعتلى القيادي الإخواني حسن دوح المنبر بمسجد شريف، وألقى خطابا هاجم فيه سياسات مجلس قيادة الثورة ،وما تقوم به من إجراءات، وخرج بمظاهرة من المسجد، اشتبكت بها قوات الشرطة، ووقعت إصابات في الجانبين، وفى نفس اليوم خرجت مظاهرات بقيادة الإخوان في طنطا اشتبكت هي الأخرى مع الشرطة.
وسارت العلاقة بين الجماعة ومجلس قيادة الثورة من سيء إلى أسوأ، إلى أن كانت القطيعة النهائية مع حادث المنشية يوم 26 أكتوبر 1954، كان عبد الناصر يخطب في ميدان المنشية في احتفال شعبي بتوقيع اتفاقية الجلاء، وأثناء إلقاء جمال عبد الناصر لخطابه أطلق عليه شاب ثماني رصاصات، وتصور الحضور أن عبد الناصر أصيب، وحاول الحرس الخاص إخراجه من موقع الحدث، لكنه رفض وواصل إلقاء خطابه قائلا: «أيها الرجال فليبق كلٌ في مكانه، حياتي فداء لمصر، دمى فداء لمصر، أيها الرجال، أيها الأحرار، أتكلم إليكم بعون الله بعد أن حاول المغرضون أن يعتدوا على، إن حياة جمال عبد الناصر ملك لكم، عشت لكم وسأعيش حتى أموت عاملا من أجلكم ومكافحا في سبيلكم، سيروا على بركة الله، والله معكم ولن يخذلكم، فلن تكون حياة مصر معلقة بحياة جمال عبد الناصر، إنها معلقة بكم أنتم وبشجاعتكم وكفاحكم، إن مصر اليوم قد حصلت على عزتها وعلى كرامتها وحريتها، سيروا على بركة الله نحو المجد نحو العزة نحو الكرامة" .
وقد قالت التحقيقات إن محمود عبد اللطيف، كان عضوا في جماعة الإخوان ويعمل كمسري، وإن المحرض له المحامي هنداوي دوير،عضو الجماعة، وإن محاولة اغتيال عبد الناصر، كانت جزءا من مؤامرة كبرى لاغتيال أعضاء مجلس قيادة الثورة، وحوالى ١٦٠ ضابطا من ضباط الجيش.
كما تضمنت الاتهامات التي تم توجيهها للجماعة تخطيطها للاستيلاء على الحكم وتخزينهم لكميات كبيرة من الأسلحة والمفرقعات ليستخدمها الجهاز السرى، وهى الأسلحة التى قال المرشد فى المحاكمة إنها تخص الضباط الأحرار، وأن الإخوان حفظوها لهم أثناء حريق القاهرة فى يناير 1952.
ويقول دكتور عماد أبو غازي في مقال له نشر في جريدة الشروق يوم 20 مايو 2012، إن التحقيقات أشارت إلى أن هناك عدة خطط أخرى لاغتيال جمال عبد الناصر، من بينها نسفه بحزام ناسف أو نسف الطائرة التى تقله فى إحدى رحلاته، وقد وجه الاتهام لاثنين من الضباط، هربا خارج البلاد، هما البكباشى أبو المكارم عبد الحى، والبكباشى عبد المنعم عبد الرؤوف ،والأخير كان من الضباط الأحرار.
وقد قيل أن المرشد العام حسن الهضيبي كان على علم بهذه المحاولات، لكنه أنكر معرفته، وقال إن التنظيم الخاص قد حاد عن الطريق السليم.
وقد حاوره الكاتب الصحفي محمد حسنين هيكل، بعد القبض عليه داخل السج، سائلا هل ترى أن الإسلام يبيح إنشاء تنظيمات سرية مسلحة للإرهاب، هل السياسة فى هذا البلد والحريات التى نتطلع إليها يمكن أن تسمح بقيام منظمات سرية مسلحة؟
فرد الهضيبي: من قال هذا؟
فقال له هيكل، لقد قلت أنك كنت تعرف أن هناك تنظيما سريا. ولكن الذى نفيته عن نفسك. أنك أنت الذى كنت تصدر إليه الأوامر. لقد قلت لى أنك كنت تعرف كرأس مسألة. ولكنك لم تكن تعرف تفاصيل الظروف التى يعمل فيها، ألم أكن محقا أن أفهم من كلامك الذى فهمته؟
فتنكر الهضيبي قائلا: لكن لست أنا الذى أنشأ التنظيم السرى. هذا التنظيم أنشأه حسن البنا سنة 1946. وكان الغرض الأول منه محاربة أعداء الإسلام.
فسأله هيكل : أين؟
قال الهضيبي : أليس للإسلام أعداء؟ أليست بلاد المسلمين كلها محتلة؟ أليس هناك إنجليز فى الأردن وفى العراق؟ وأليس هناك غير الإنجليز أيضا؟
هيكل : وماذا فعل التنظيم السرى لأعداء الإسلام هؤلاء؟
قال حسن الهضيبى: الذى حدث بعدها أن هذا التنظيم السرى انحرف عن هدفه الأصيل واتجه إلى أعمال العنف والاغتيال. فلما جئت أنا منذ ثلاث سنوات. وتوليت منصب المرشد العام كان أول ما فعلته أن قلت إنني لا أريد تنظيمات سرية. أخرجت من الجماعة فعلا أولئك الذين عرفت أنهم كانوا يتزعمون الإرهاب المسلح. وأقمت مكان النظام القديم نظاما جديدا حددت له أهدافه. وهو أن يقوم أفراده بنشاط رياضي وكشفي.
هيكل : وهل التدريب على السلاح والمفرقعات يدخل ضمن الأعمال الكشفية والرياضية؟
الهضيبي : لقد أعدت النظام الخاص إلى أصل دعوته... أعدته لكى يحارب أعداء الإسلام... وحاولت أن أبعده عن الإرهاب!
تكونت على إثر هذه الحادثة محكمة الثورة التي رأسها جمال سالم، وعضوية أنور السادات، والبكباشى حسين الشافعي، والتي قضت يوم 4 ديسمبر 1954، بإعدام كلاً من محمود عبد اللطيف، يوسف طلعت، إبراهيم الطيب، هنداوي دوير، محمد فرغلي، عبد القادر عودة، وحسن الهضيبي الذي خفف الحكم عليه إلي الأشغال الشاقة المؤبدة.
، وكان من بين من حكم عليهم محمد مهدي عاكف، الذي حكم عليه بالسجن المؤبد، لكنه خرج عام 1974 ، في عهد الرئيس محمد أنور السادات، بعد أن قضي عشرين عاماً في السجون.
