انتشرت فروع الكلية الإكليريكية في الخمسين سنة الأخيرة، وتم تدشين عدة فروع لها في الإسكندرية، طنطا، أسيوط(دير المحرق)، شبين الكوم، المنيا، البلينا، الدير المحرق.
وفي المهجر، في سيدنى بأستراليا، جيرسى سيتى، لوس أنجليوس بأمريكا، ستيفينج بريطانيا.
ويعتبر الأقباط الكلية الإكليريكية بوابة العبور إلى سلك الكهنوت.
تمتد جذورها إلى 125 عاما منذ تولي قيادتها يوسف منقريوس، ومن بعده العلامة حبيب جرجس ومن وقتها صنفت منارة للتعليم الكنسى ومصنعًا لقادة الكنيسة ويعود فكرة إنشائها إلى البابا كيرلس الرابع أبو الإصلاح، ولكن تأسيسها الحقيقي والرسمي كان عهد البابا كيرلس الخامس، رحلة طويلة وممتدة مليئة بالتطوير.
والتحديث استمر خاصة أن الكلية بها ضوابط للالتحاق ومناهج كاملة:
أربع سنوات هي المدة الزمنية للدراسة داخل الكلية الإكليريكية.
22 مادة تدرس في العام الواحد ليصل إجمالي عدد المواد تسعين خلال أربع سنوات يعمل فيها هيئة التدريس على ضخ علوم كنسية وإنسانية في عقل الطالب ليكون جسر تواصل مع شعب الكنيسة فيما بعد الرسامة.
ملامح وشروط الدراسة تغيرت على مدى عشر سنوات حيث من الممكن الالتحاق بالقسم الصباحى بشهادة الثانوية العامة فقط، ومع الوقت صدر قرار أن يكون الطالب بالكلية حاصلا على مؤهل ريح عالٍ، وتم توحيد الدراسة 4 سنوات، بعد أن كانت دراسة القسم المسائى 3 سنوات فقط، جميع الفروع الـ11 للكلية بجميع أنحاء الجمهورية.
يعتبر طلاب الإكليريكية أن كلية الأنبا رويس هي الجذور، وتعتبر موافقة وتزكية أب الاعتراف شرطا أساسيا في القسم المسائى، أما الصباحى فيطلب منه تزكية الأسقف لأن الذين يدرسون بالقسم الصباحى تكون لديهم رغبة في «التكريس» ويتميزون بارتداء ملابس سوداء ويكونون متفرغين للدراسة ويقيمون في بيت الأنبا رويس، أما المسائى فلا يشترط التفرغ لكن هناك خريجين من المسائى يرشحون قساوسة ومنذ عام 2015 تم الاتفاق على توحيد مناهج الكلية بجميع فروعها بنسبة 90%.
في عهد البابا تواضروس الثانى حدث تطوير وحلقات نقاش مثمرة ونظم أكثر من مؤتمر للأساتذة في الكلية وتم الاتفاق على مناهج موحدة وتم الاتفاق على عدة عدة طرق لمواجهة للتطوير
الإكليركي والباحث أمجد سمير شفيق قال إنه بجانب المناهج الدراسية تتبع الكلية طرقًا أخرى لمواجهة التحديات، الأول دورات للأساتذة تؤهلهم لمواجهة المشكلات الحديثة، والثانى فتح الباب لغير الدارسين لحضور تدريبات صيفية وتدريبات في الدراسات العامة التثقيفية، لمناقشة المشكلات المهمة على الساحة، والتركيز في المحاضرات على الموضوعات التى تثار على الساحة والتركيز على الموضوعات التي تشهد جدلا واسعا القمص بيشوي حلمي أستاذ اللاهوت بالكلية الإكليركية.
وراعي كنيسة الأنبا أنطونيوس بشبرا أضاف أن لديه سطورا ملخصها أن منبر التعليم الكنسي ومنارة التعليم أنجب قادة ومفكرين، وفي نفس الوقت نقدر ونحترم كل الأفكار والآراء ونتمسك بالتسليم والتقليد، وما نتسلمه نسلمه، والأساتذة صدرهم رحب ومتسع وكل قضية تواجه بالصبر والتقبل مهما كلف الأمر من وقت وجهد، ولكن لدينا هدفا ورسالة هي إقناع الطالب والحوار المتبادل لأن سماع الرأي والرأى الآخر جزء لا يتجزأ من التعليم، ويتم الاعتماد على الكتاب المقدس وتعاليم الآباء الأولين في التدريس.
