جاء ذكر هذا الدير في التاريخ أنه نزل به الارخن القبطي مقاره النبراوي الذي بني كنيسة المجدلية بالقدس في عهد بابا الإسكندرية ياكوبوس (يعقوب) الأول بطريرك الكنيسة القبطية رقم ٥٠ في عداد بطاركة الإسكندرية (الذي جلس على الكرسي ٨٠٩م - ٨٣٠م) وذلك في خلافة هارون الرشيد في نفس المكان الذي كانت واقفة فيه المجدلية عند القبر. وكنيسة المجدلية هذه في يد اللاتين الكاثوليك منذ زمن الحروب الصليبية (حروب الفرنجة) بعد طردهم للأقباط من القدس، وحتي الآن.
كما جاء ذكر الدير أنه كان مقر إقامة الوزير القبطي ابواليمن قزمان بن مينا عند تعينه على ولاية فلسطين وأعمالها في عهد الخليفة الفاطمي العزيز بالله(٩٧٦-٩٩٦م ) وكان رسل الخليفة وعماله يترددون على هذا الدير وربما هذا سبب إطلاق اسم دير السلطان عليه.
وربما اطلق اسم ”دير السلطان“ على الدير بعدما عين السلطان جلال الدين السلجوقي (أبو الفتح ملك شاه بن ألب أرسلان محمد بن داود بن ميكائيل بن سلجوق بن دقاق، الملقب جلال الدولة، دولة الأتراك السلاجقة، حكم ١٠٧٢ـ١٠٩٢م) - عين الوالي القبطي منصور التلباني عاملا للقدس وسمح له بإنشاء كنيسة بالدير وهي إحدى الكنيستين اللتان لاتزالان قائمتين به حتى الآن. كانت دولة الأتراك السلاجقة قد ضمت فلسطين وانتزعتها من الخلافة الفاطمية في تلك الأثناء، وبلغت دولة السلاجقة أقصى اتساعها عام ١٠٩٢م، عند وفاة السلطان جلال الدولة ملك شاه. ودشنت هذه الكنيسة سنة ١٠٩٢م في أواخر أيام بابا الإسكندرية كيرلس الثاني بطريرك الكرازة المرقسية وبطريرك الكنيسة القبطية رقم ٦٧ في عداد بطاركة الإسكندرية (الذي جلس على الكرسي ١٠٧٨ـ١٠٩٢م) في عهد تملك الخليفة الفاطمي المستنصر ووزيره الأرمني بدر الدين الجمالي.
بعد ذلك بثلاث سنوات، في عام ١٠٩٥م انعقد مجمع كليرمونت بناءً على دعوة بابا روما أوروبان الثاني بهدف مساعدة الإمبراطورية البيزنطية في صد هجمات السلاجقة، الذين فتحوا قسطًا وافرًا من مدن الإمبراطورية في الأناضول، وقد أجمع المؤتمرون على أهمية "تحرير الأراضي المقدسة" ومن ثم انطلقت الحملة الصليبية الأولى عام ١٠٩٨م واستطاعت هزيمة السلاجقة والسيطرة على الرها ثم أنطاكية وتابعت طريقها محاذية الساحل الشامي نحو الجنوب حتى وصلت القدس وبعد أكثر من شهر على الحصار تمكّن الصليبيون من اقتحام المدينة في يوليو ١٠٩٩م، قبيل وصول جيش الخلافة الفاطمية من مصر. وتبع ذلك طردهم للأقباط من القدس واستيلاءهم على معظم الأديرة والكنائس القبطية بالمدينة. وبهذا اصبح دير السلطان ديرًا للرهبان اللاتين(رهبنة اوغسطينوس Order of St Augestine، OSA) لقرابة قرن من الزمان.
بعد معركة حطين قرب الناصرة(4 يوليو 1187 م) وانتصار صلاح الدين، تم إرجاع معظم ممتلكات الأقباط بالقدس لهم ومنها دير السلطان بطلب من كاتم سر(سكرتير) صلاح الدين، وهو القبطي صفي الدين ابن أبي المعالي الملقب بابن شرف، أما كنيسة المجدلية فلم ترجع وبقيت في في يد اللاتين الكاثوليك منذ زمن الحروب الصليبية وحتي الآن.
