قام البابا شنودة الثالث في عام 1973 بزيارة تاريخية للبابا الراحل بولس السادس، بابا الفاتيكان آنذاك، عندما كانت الزيارة بمثابة انطلاق الحوار الرسمي بين الكنيستين الكاثوليكية والقبطية الأرثوذكسية لأول مرة، وذلك منذ مجمع خلقيدونية عام 451 الميلادي والذي تسبب في انشقاق الكنائس المسيحية ابتعاد الكنائس الشرقية القبطية والأرمنية والسريانية، عن الشراكة مع الكنيستين الرومانية والبيزنطية الذين يرون أن مجمع خلقيدونية المجمع المسكوني الرابع.
والتقى البابا شنودة خلال تلك الزيارة مع البابا الراحل بولس السادس، وخلال تلك الزيارة استعاد "شنودة" رفات القديس أثناسيوس أثناء الاحتفال بذكرى مرور 16 قرنًا على وفاته.
واستمرت الزيارة لمدة 6 أيام، نتج عنها التوقيع بين البابوين على بيان مشترك للاتفاق على تشكيل لجنة مشتركة لإعداد دراسات مشتركة في "التقليد الكنسي، وعلم آباء الكنيسة، الليتورجيات، واللاهوت، والتاريخ، والمشكلات العلمية"، حتى يتمكن قادة الكنيستين من التعاون والسعي لحل الخلافات القائمة بين الكنيستين بروح الاحترام المتبادل.
وبعد انعقاد اجتماع بين الكنيستين في العام التالي، أخذت تتوالى الاجتماعات بعد ذلك، وعقب مزاولة البابا شنودة مهام منصبه البابوى عام 1985 عاد الحوار من جديد بين الكنيستين، والمستمر حتى اليوم، والتقى البابا يوحنا بولس مع البابا شنودة داخل المقر البابوى بالكاتدرائية المرقسية في لقاء استمر 45 دقيقة، وخلال وجوده في القاهرة أقيم قداس صلاة كبير للبابا يوحنا في اليوم التالى داخل استاد القاهرة الدولى، حضره نحو 23 ألف مسيحى.
