يرجع تاريخ دير قرية الزاوية إلى القرن الثانى الميلادي قبل ظهور الرهبنة فكان يجتمع به العباد ويعيشون به لذلك يعتبر أقدم دير أثرى على مستوى العالم، وعند دخول نظام الرهبنة في القرن الرابع الميلادى أطلق عليه دير النساخ لأن رهبانه اشتهروا بنسخ الكتب المقدسة والطقسية التى تخص العبادة في الكنيسة.
كما سمى أيضًا بدير الرسل لأن التعاليم التى كانت تقدم على ألسنة رهبانه والكتب التى كانت تنسخ به تحتفظ بذات الاستقامة التى قدمت بها تعاليم الرسل.وأطلق عليه الناس دير الأتل حيث كان بداخل أسواره شجرة نبات التل وهى شجرة ضخمة كانت فروعها وأغصانها تغطى الدير كله. وكنسيا أطلق عليه دير القديس أثناسيوس الرسولى لإنه كان من الأماكن المحببة مع دير الشهيد مارمينا المعلق بأبنوب لإقامة البابا أثناء فترة هروبه ونفيه وأيضًا لأنه كان يختصه بمزيد من الرعاية ويشرف عليه بنفسه خوفًا من أى تداخلات لبدعة أريوس ولمحاربة بدعة ميلتس أسقف أسيوط.ولأن الدير كان يقوم بتوزيع الكتب على جميع الإيبارشيات والكنائس فقد أصبح للدير أسقف مكرس للمتابعة والإشراف على هذه الأعمال ويؤكد ذلك ما سجله أحد أساقفة الدير قرابة القرن السادس الميلادى وهو الأنبا أثناسيوس الأنصارى بأنه قام بإحضار رفات الأنبا بيشوى والأنبا بولا الطموهى إلى الدير حتى جاء البابا يوساب البطريرك الـ52 من باباوات الإسكندرية وقام بنقل جسديهما عام 842 م.
ومبانى الدير ترجع إلى نفس تاريخ نشأته ويحاط بسور ضخم فريد من نوعه من الطوب الرملى يصل عرضه لنحو 3.5 أمتار ويغلق على قاطنيه ببوابة ضخمة، ومبنى كنيسة الدير التاريخية من الحجارة القديمة وتنخفض عن سطح الأرض قرابة ثلاثة أمتار وهى على التراث البيزنطى الشهير بالقباب ولها ثلاث عشر قبة من الطوب اللبن وفى ذلك إشارة إلى السيد المسيح له المجد وتلاميذه الإثنى عشر. وفى الوسط هيكل فريد من نوعه بشكله الخماسى وهو ليس له نظير على مستوى العالم ويسمى على اسم البابا أثناسيوس الرسولى وبداخل الهيكل مقصورات تزينها تيجان من الحجارة منقوش عليها زهرة اللوتس وعناقيد العنب. كما يوجد بصحن الكنيسة صورة الصلبوت الملونة وترجع إلى نفس تاريخ نشأة الكنيسة
ويوجد بالكنيسة هيكل على اسم القديس العظيم الانبا تكلاهيمانوت الحبشى وقام بتسميته البابا أثناسيوس الرسولى وذلك بعد قيامه بسيامة اول أسقف للحبشة وهو الأنبا سلامة.كما يوجد هيكل ثالث على أسم القديس والشهيد العظيم الأمير تاوضروس المشرقى.كما يجب ان نوضح أن حجاب الهيكل الأوسط من الخشب المعشوق على هيئة صلبان وقربان أما حجاب الهيكل القبلى والبحرى فهو من الطوب الملون بالأسود والأبيض. أما صحن الكنيسة فهو مقام على أربعة أعمدة من الطوب الأسود ذات التصميمات القديمة على قطر دائرى وفى ذلك إشارة إلى البشائر الأربعة.وبداخل الخورس الثانى ما يعرف بالمغطس وكان يستخدمه المسيحيون قديمًا حفاظًا على طقس شعبى قديم وإتمام لطقس عيد الغطاس حيث كان معتاد نزول المسيحيين في نهر النيل ولكن في عهد الفاطميين منعت هذه الطقوس فتم استبدالها بهذه النوعية من المغاطس في معظم الكنائس القديمة.وفى القرن الأول كان يقام احتفال ضخم في عيد القديس العظيم البابا أثناسيوس الرسولى وذلك في 7 بشنس حيث كان يستقدم الآلاف ويستمر لمدة أسبوع ومن مظاهر الاحتفال بالعيد إقامة الصلوات وتقديم الذبائح والنذور وكانت تجمعات الأهالى تمتد لقرابة 15 كم حتى قرية زرابى أبوتيج حيث أقيمت كنيسة الأنبا شنودة وسجل ذلك المقريزى بالقول ” أنك لو أتيت سائرًا على الأقدام من مدينة الإسكندرية إلى أسوان لمشيت تحت ظل الأشجار التى غرسها الرهبان على طول الطريق من الشمال إلى الجنوب.
وورد ذكر الدير وتاريخه في الكثير من المراجع القديمة والحديثة التى تناولت تاريخ أهم الأديرة والكنائس الأثرية في مصر منذ دخول المسيحية إليها حتى الوقت الحاضر ومن هذه المراجع على سبيل المثال لا الحصر جاء في كتاب الرياضة الروحية في الأماكن الأثرية عن الدير ما يلى: له يقصد البابا أثناسيوس االرسولى دير خاص باسمه في الطريق الغربى الموصل بين أسيوط والغنايم ويعرف هذا الدير باسم دير العباد أو دير زاوية العباد أو دير أبو شجرة أو دير أثناسيوس فعند قرية الزاوية يتجه غرب الطريق الغربى بمسافة 500 متر، وهو داخل بوابة تغلق على الدير وما حوله من مبانى وهو اقدم دير أثرى إذ أنه من القرن الثانى الميلادى قبل ظهور الرهبنة فكان يجتمع ويعيش به العباد وكان يحضر الأنبا أثناسيوس من الإسكندرية متخفيًا لهذا المكان ليعظ ويعلم العباد ويحارب وينقد بدع مليتس أسقف أسيوط ولذلك بنى أول مذبح باسمه في هذا الدير
وجاء أيضًا عن تاريخ الدير في كتاب بين المقادس والآثار، تبعد قرية دير الزاوية 16 كم جنوب شرق وتقع الكنيسة وسط القرية التى يحيطها سور مربع به بوابة واحدة كانت قديمًا تغلق على أهل القرية في المساء والكنيسة مبنية على مكان كنيسة أقدم منها ومدخل الكنيسة مزخرف بالطوب الأحمر والداكن في أشكال هندسية وكذا أعمدة الكنيسة أما الهيكل فيحمل بداخله عدد من الحنيات تشبه كثيرًا ما يوجد بديرى الأنبا شنودة والأنبا بيشاى، ويوجد بعض التيجان القرنشية هى غالبًا من الكنيسة الأقدم ويسمى الدير بعدة تسميات: زاوية العباد: أى النساك أو الرهبان، ودير الشجرة: يقال إنه كان يوجد بالدير شجرة عالية كان يحدد بها الزوار مكان الدير قديمًا دير القديس أثناسيوس الرسولى 0
